Сюжет мультфільму «Скубі Ду! Пірати на борту! розповідає про нові пригоди команди відважних героїв, які вирушили у найтаємничіше місце на планеті – загадковий та небезпечний Бермудський трикутник. У цьому районі Атлантичного океану з давніх-давен відбуваються...